De Tweede Wereldoorlog
Vanaf vrijdag 10 mei 1940 - begin van het pinksterverlof - tot begin juni worden de lessen onderbroken en worden de leerlingen naar huis gestuurd. Slechts een 20-tal leerlingen kunnen hun ouders niet vervoegen. De kloostercamionette pendelt meermaals tussen Onze-Lieve-Vrouw-Waver en Brussel-Molenbeek om de zieke en oude zusters in veiligheid te brengen.
Op zondag 13 mei vertrekken alle andere zusters, op 15 zusters onder leiding van de econome mère Hedwige na. Dag en nacht heeft men intussen voedsel, dekens en dergelijke aan hulpbehoevenden uitgedeeld.
De schoolgebouwen worden een tijd lang door de Belgische militaire overheid opgeëist; op 17 mei wordt het complex 2 á 3 uur lang beschoten. De kerk wordt door een dozijn brandbommen getroffen: de slaapzaal Heilige Engelen in het Sint-Michielsgebouw wordt hierbij vernield. De slaapzalen van de Normaalschool en van het Heilig-Hartgebouw zijn eveneens zwaar beschadigd. Een 8-tal nog niet ontplofte obussen dienen te worden opgeruimd.
In de Handels- en Beroepsafdeling zijn bijna alle ruiten gebroken: zoldering, muren, ramen en deuren zijn door bommen beschadigd en het bureel van de directrice en één beroepsklas zijn totaal onbruikbaar geworden.
De Waverse groep van 15 zusters die op de middag van 16 mei de gebouwen toch dienden te verlaten, komen op 19 mei naar het zwaar gehavende complex terug. Reeds vanaf 3 juni worden de leerlingen stilaan voor hun (eind)examens teruggeroepen.
Op 2 september is de grootste schade hersteld, al blijven er twee vleugels buiten gebruik, en kan er - met 655 internen en een 50-tal externen - opnieuw gestart worden.
De communauteit - die op dat ogenblik uit niet minder dan 252 religieuzen bestaat - viert op 22 april 1941 '100 jaar Ursulinen in Waver' in aanwezigheid van kardinaal Van Roey en andere prominenten. De oud-leerlingenbond schenkt een wit marmeren herinneringsplaat, waarin door de Antwerpse beeldhouwer Bruno Gerrits Christus biddend in Gethsemani is gekapt. Een belangrijk eeuwfeestalbum wordt uitgegeven.
In september 1941 is het leerlingenaantal gestegen tot 712, waaronder 70 externen. De voedselbevoorrading met oorlogsbonnekens wordt, net als de verduistering en de verwarming, een nijpend probleem. De scholen van het Instituut tellen op dit moment in het gebouwencomplex namelijk niet minder dan 32 klaslokalen, 14 werkplaatsen en 2 laboratoria (circa 2600 m2). Daarnaast zijn er nog 4 eetzalen en 3 speelplaatsen (circa 2000 m2), vele slaapzalen, een ruime badplaats en doucheruimte en een aparte ziekenzaal. Op 9 september 1943 na de inhuldiging van het heropgebouwde Sint-Michielspaviljoen beschikt men zelfs over nog meer ruimte.
Uit een brief van Flor Grammens van 22 februari 1943 vernemen we dat de taalinspectie bij haar bezoek aan de scholen vaststelde dat de Nederlandse afdelingen in heel het Instituut zeer degelijk zijn ingericht. Wel dringt de taalcommissie erop aan dat men in de Franse afdelingen enkel Waalse kinderen zou opnemen, want nu zijn die gedeeltelijk bevolkt door meisjes die het Vlaamsche land bewonen. De school is echter volledig in orde met het koninklijk besluit van 11 maart 1933.
Na de bevrijding van het dorp op 4 september 1944 (om precies te zijn van 18 oktober 1944 tot juli 1946), wordt een deel van de gebouwen tot militair hospitaal omgevormd. Na de doortocht van een 100-tal woestijnratten die in de Sint-Ceciliazaal verblijven, vestigt zich achtereenvolgens het 32e psychiatrisch hospitaal uit de 21e legergroep van de Engelse Montgomerydivisie uit het Afrikacorps, met méér dan 1000 patiënten; vanaf maart 1945 het 106e hospitaal uit de 21e Army-groep en uiteindelijk vanaf mei 1945 een Belgisch hospitaal met 100 tot 150 herstellende soldaten.
Bovendien is er in 1944-45 opnieuw schade door inslaande V1's en V2's. Het is dan ook moeilijk om de 950 leerlingen in deze omstandigheden allen passend onder te brengen.
